答案是“小”字。

解析思路：“北京”的“京”字北部（按上北下南原则）是“亠” ，“南京”的“京”字南部是“小”。

谜面说“不在北京在南京”，意思是不是取“京”字的北部，而是取“京”字的南部，所以答案为“小”字。