《青云志 3 》主演有 李易峰、赵丽颖、杨紫、成毅、秦俊杰等原班人马回归 。以下是各集大致剧情走向直至大结局：
第 1 集
承接前作，张小凡（李易峰饰）化名鬼厉，在魔教经历诸多历练后已成为鬼王宗副宗主。他依旧心系天下苍生，暗中调查江湖中涌动的新危机。碧瑶（赵丽颖饰）仍沉睡不醒，张小凡对其念念不忘，一心寻求唤醒她的方法。与此同时，正道门派察觉到鬼王宗势力扩张，准备商议对策，一场正邪之间新的较量悄然拉开帷幕。
第 2 集
张小凡在执行鬼王交付任务时，意外发现一股神秘势力在背后操控一些江湖纷争，意图挑起正邪大战从中获利。陆雪琪（杨紫饰）作为青云门新一代杰出弟子，被派下山调查此事，与张小凡在暗中调查过程中几次险些相遇，两人虽未碰面，但彼此都感觉到对方的气息，心中泛起复杂情绪。
第 3 集
林惊羽（成毅饰）在青云门刻苦修炼，武艺日益精进。他偶然得知张小凡如今身处魔教，决心寻找机会劝其回头。而张小凡这边，为了探寻神秘势力真相，深入险境，结识了一些看似身份可疑但实则心怀正义的江湖人士，他们决定联手揭开背后阴谋。
第 4 集
神秘势力察觉到有人在调查他们，于是设下陷阱，引诱张小凡等人上钩。张小凡明知有诈，但为了获取线索毅然前往。陆雪琪在追踪过程中发现了陷阱，担心张小凡安危，不顾危险闯入。关键时刻，两人相遇，面对共同敌人，暂时放下立场分歧，并肩作战突出重围。
第 5 集
经过此次并肩作战，张小凡和陆雪琪心中的情感再次涌动。但很快他们又因正邪立场不同而产生矛盾。回到鬼王宗后，张小凡因与正道接触受到鬼王猜忌。另一方面，林惊羽找到张小凡，苦劝他脱离魔教，张小凡陷入两难境地，既放不下碧瑶，又深知正道与魔教之间的恩怨纠葛。
第 6 集
神秘势力加快阴谋实施步伐，他们勾结部分魔教分支，准备对正道门派发动大规模袭击。青云门等正道门派得到消息后紧急备战。张小凡意识到事态严重，决定在正邪大战爆发前找出幕后黑手阻止这场灾难。他与陆雪琪等人互通消息，决定携手合作对抗共同敌人。
第 7 集
在调查过程中，他们逐渐发现神秘势力与千年前的魔教秘宝有关，传说此秘宝拥有强大力量，若被心怀不轨之人得到，将天下大乱。为了抢先找到秘宝，各方势力纷纷出动。张小凡等人历经艰难险阻，终于找到了秘宝所在之处，但却陷入了神秘势力精心布置的重重机关之中。
第 8 集
众人在机关中奋力突围，期间伤亡惨重。关键时刻，张小凡凭借对魔教古老阵法的了解，带领大家找到了破解机关的方法。然而，当他们拿到秘宝时，却发现秘宝并非实体，而是一段指引开启真正力量源泉的线索。此时，正邪大战一触即发，各方势力都朝着战场涌去。
第 9 集
正邪双方在战场上交锋，喊杀声震天。张小凡带着线索赶到战场，试图阻止这场无谓的战争。陆雪琪在战斗中为保护同门身负重伤，张小凡心急如焚，不顾一切冲向她。林惊羽也在战斗中展现出非凡实力，力战魔教高手。
第 10 集（大结局 ）
张小凡利用秘宝线索找到了神秘势力首领，原来此人是一位妄图称霸天下的野心家。经过一场惊心动魄的决战，张小凡凭借自身强大的实力和众人的帮助，最终击败了神秘势力首领。随着危机解除，正邪双方也意识到这场争斗的无谓，开始反思过往恩怨。
碧瑶在关键时刻因神秘力量苏醒过来，张小凡欣喜若狂。陆雪琪看着张小凡和碧瑶相拥，虽心中难过，但还是选择默默祝福。最终，张小凡决定与碧瑶一起远离江湖纷争，过上平凡生活。林惊羽则继续留在青云门，守护正道。江湖恢复了平静，众人都踏上了属于自己的新征程 。