《神奇宝贝》（现官方译名为《宝可梦》 ）系列动画有众多主角，且剧集数量庞大，以下以初代动画无印篇为例进行介绍，后续系列可参考此模式并通过宝可梦相关百科网站获取更详细内容。
主演 小智：立志成为宝可梦大师，性格热血、勇敢且充满正义感，带着皮卡丘踏上了宝可梦之旅，不断挑战道馆、参加联盟大赛，在旅途中结识了许多伙伴，收获了珍贵的友谊和成长。
小霞：华蓝市道馆馆主之一，擅长水系宝可梦。
性格直爽、脾气火爆，但内心善良，因皮卡丘弄坏了她的脚踏车而与小智结伴同行，在旅行中逐渐成长，对水系宝可梦的培育有了更深的理解。
小刚：尼比市道馆馆主，精通宝可梦培育知识，擅长岩石系宝可梦。
为人成熟稳重、细心体贴，常担任照顾团队的角色，后因向往宝可梦培育家之路而跟随小智一同旅行。
分集剧情（部分集数示例） 初期旅程开启（第1 - 5集） 第1集：《神奇宝贝，就决定是你了！》：小智年满十岁，终于可以领取属于自己的初始宝可梦。
原本他想要杰尼龟或者妙蛙种子，却因睡过头，最后只剩下脾气暴躁的皮卡丘。
在离开真新镇的路上，皮卡丘拒绝进入精灵球，还对野生宝可梦发起攻击，引来了烈雀群的追杀，关键时刻皮卡丘爆发出强大电力击退烈雀，小智和皮卡丘的羁绊由此开始加深。
第2集：《在神奇宝贝中心的决斗！》：小智和皮卡丘来到了常磐市的宝可梦中心，在这里遇到了同样来治疗宝可梦的训练家修。
修嘲笑皮卡丘弱小，小智接受挑战，皮卡丘在战斗中受伤，关键时刻进化之光闪现但未进化，最终凭借顽强意志战胜对手，也让小智意识到要让皮卡丘变得更强。
第3集：《收服神奇宝贝！》：小智一行在森林中遇到了野生的绿毛虫，小智尝试收服它，过程中绿毛虫遭到铁甲蛹的攻击，小智保护绿毛虫并成功收服。
之后绿毛虫进化成铁甲蛹，又很快进化成巴大蝴。
在与火箭队的冲突中，巴大蝴为了保护同伴和森林里的宝可梦，选择留在森林，小智虽然不舍但还是尊重了它的决定。
第4集：《武士少年的挑战！》：小智等人遇到了自称“昆虫宝可梦大师”的武士少年，他向小智发起挑战，若小智输了就要把皮卡丘交给他。
双方派出各自的虫系宝可梦进行战斗，小智先后派出绿毛虫（已进化为巴大蝴离开）、独角虫，最终在皮卡丘的帮助下赢得胜利，捍卫了自己和皮卡丘的尊严。
第5集：《尼比市的决斗！》：小智来到尼比市，挑战当地道馆馆主小刚。
小刚派出小拳石和大岩蛇，小智先派出皮卡丘，但皮卡丘的电系技能对岩石系效果不佳。
随后小智派出新收服的比比鸟和小拳石战斗，最终利用策略让皮卡丘成功击败大岩蛇，获得了灰色徽章。
旅途冒险与成长（第6 - 10集） 第6集：《神奇宝贝狩猎区的战斗！》：小智等人来到神奇宝贝狩猎区，这里可以自由捕捉各种野生宝可梦。
在狩猎区内，小智遇到了火箭队三人组，他们企图捣乱捕捉大量宝可梦。
小智和伙伴们一边躲避火箭队的干扰，一边努力捕捉心仪的宝可梦，小霞收服了墨海马，小智也成功收服了多只宝可梦，但最后因为违反规则，大部分宝可梦都没能带走。
第7集：《华蓝市的水中战斗！》：小智一行抵达华蓝市，小霞回到家中，发现姐姐们将道馆改成了水上乐园。
此时，一名叫阿桔的训练家前来挑战道馆，小霞不得不临时组建队伍迎战。
阿桔派出蚊香蝌蚪和蚊香蛙，小霞先后派出宝石海星和墨海马，经过激烈战斗，小霞赢得胜利，捍卫了道馆荣誉，小智也见识到了小霞作为水系道馆馆主的实力。
第8集：《通向神奇宝贝联盟之路！》：小智得知要参加神奇宝贝联盟大赛，需要集齐八枚徽章。
于是他告别小霞和小刚，继续踏上收集徽章的旅程。
在途中，他遇到了一位老绅士，老绅士讲述了自己年轻时参加联盟大赛的经历，激励着小智更加坚定地朝着目标前进。
同时，火箭队依然在暗中跟踪小智，企图抢夺皮卡丘。
第9集：《神奇宝贝必胜指南》：小智在一家书店购买了一本《神奇宝贝必胜指南》，书中介绍了各种宝可梦的弱点和战斗技巧。
然而，这本指南是火箭队故意制作的错误版本，目的是误导小智。
小智按照指南上的方法与野生宝可梦战斗，结果连连失败。
后来他发现了指南的问题，凭借自己和皮卡丘的默契，成功打败了野生宝可梦，并识破了火箭队的阴谋。
第10集：《鬼斯通对抗超能力！》：小智等人在一座阴森的大宅中遇到了鬼斯通。
鬼斯通喜欢恶作剧，它不断制造灵异现象吓唬大家。
与此同时，一位超能力者也来到这里，他想用超能力收服鬼斯通。
小智为了保护鬼斯通，与超能力者展开战斗。
皮卡丘的攻击对超能力者的宝可梦效果不佳，关键时刻鬼斯通帮助小智，利用自己的特性扰乱了超能力者的宝可梦，最终小智成功让超能力者放弃收服鬼斯通。
更多挑战与危机（第11 - 15集） 第11集：《喇叭芽之塔的危机！》：小智一行来到喇叭芽之塔，这座塔是草系宝可梦喇叭芽的栖息地。
塔内有一位长老，他守护着塔中的神秘力量。
火箭队为了抢夺这份力量，闯入喇叭芽之塔并引发混乱。
小智和伙伴们与火箭队展开战斗，同时还要安抚受到惊吓的喇叭芽们。
在战斗过程中，小智的宝可梦们不断成长，最终成功击退火箭队，保护了喇叭芽之塔。
第12集：《枯叶市的神奇宝贝大赛！》：小智等人来到枯叶市，正好赶上当地举办神奇宝贝大赛。
大赛规则是训练家们两两对决，获胜者可以获得丰厚奖品。
小智报名参加比赛，在比赛中先后战胜了多位对手。
决赛中，他