《魔法禁书目录》第二季的主要角色众多，其中上条当麻、御坂美琴、一方通行等是核心主演。
以下是详细的剧情分集介绍： 第1集：新生都市的日常 故事开篇延续第一季，学园都市依旧充满着各种超能力者与神秘事件。
上条当麻过着平凡又不平凡的日子，每天都在处理各种麻烦事。
某日上条在街头偶遇御坂美琴，美琴正为一些奇怪的电波干扰现象而烦恼，上条决定帮忙调查，由此拉开了新一季故事的序幕。
第2集：电波背后的秘密 上条和御坂深入调查电波干扰事件，发现这背后似乎隐藏着一个神秘组织的阴谋。
他们追踪电波源头，来到一座废弃的大楼。
在大楼里，他们遭遇了一些拥有特殊能力的敌人，这些敌人利用电波操控周围的电子设备进行攻击。
上条凭借自己的“幻想杀手”能力一次次化解危机，御坂也发挥她的电磁炮能力协助战斗。
第3集：神秘少女现身 在与敌人战斗的关键时刻，一位神秘少女突然出现。
少女身着奇特服饰，拥有强大的魔法能力。
她轻松击败了敌人，但对上条等人却持有警惕态度。
经过一番交流，上条得知少女来自魔法侧，此次也是为了调查电波事件而来，并且她似乎知道更多关于这个神秘组织的信息。
第4集：合作与冲突 上条邀请神秘少女一起合作调查事件，少女勉强答应。
然而，在调查过程中，魔法侧与科学侧的理念冲突逐渐显现。
御坂对魔法少女的存在充满怀疑和警惕，而魔法少女则对学园都市的超能力实验表示反感。
上条努力调和双方矛盾，试图让大家专注于解决眼前的危机。
第5集：真相渐明 随着调查的深入，他们逐渐发现这个神秘组织企图通过电波干扰学园都市与外界的联系，并引发科学侧与魔法侧的冲突，从而坐收渔利。
神秘组织的成员开始频繁出动，对上条等人展开追杀。
在一次激烈的交锋中，上条等人获取了一份关键文件，文件中透露了神秘组织下一步的行动计划。
第6集：危机升级 神秘组织得知关键文件被盗取，加快了行动步伐。
他们发动大规模攻击，学园都市陷入混乱。
各种超能力失控，魔法波动四溢。
上条和伙伴们四处奔波，尽力阻止破坏的扩大。
同时，他们还要面对神秘组织派出的强大杀手，局势越发危急。
第7集：艰难抉择 在战斗中，上条面临一个艰难的抉择。
为了拯救更多人，他必须冒险进入神秘组织的核心基地，但这意味着他可能会陷入绝境。
御坂和魔法少女都劝他不要冲动，但上条心意已决。
最终，他独自踏上了前往基地的危险之旅。
第8集：基地激战 上条进入神秘组织的基地后，遭遇重重陷阱和强大敌人。
基地内部布满了各种高科技防御系统和魔法结界。
上条凭借顽强的意志和“幻想杀手”的能力，一路闯关。
在基地深处，他终于见到了神秘组织的首领，一场终极对决即将展开。
第9集：首领的阴谋 上条与神秘组织首领展开激烈战斗。
在战斗过程中，首领道出了他的真正阴谋。
原来他企图利用学园都市的超能力实验与魔法的结合，创造出一种可以掌控世界的绝对力量。
上条深知这种力量一旦被释放，将会给世界带来巨大灾难，他拼尽全力阻止首领的计划。
第10集：转机出现 就在上条陷入苦战之时，御坂和魔法少女带领支援力量赶到。
众人齐心协力，与首领展开最后的决战。
在战斗的关键时刻，上条发现了首领阴谋的破绽。
原来，超能力与魔法的结合存在致命缺陷，只要找到并破坏这个关键环节，就能阻止阴谋。
第11集：破局之战 上条等人集中力量攻击首领阴谋的关键环节。
经过一番激烈战斗，终于成功破坏了超能力与魔法结合的装置。
神秘组织的计划宣告失败，基地开始崩塌。
上条等人在千钧一发之际逃离了基地。
第12集（大结局） 学园都市的危机解除，一切逐渐恢复平静。
上条当麻再次成为了拯救世界的英雄，但他依旧过着平凡又充满意外的生活。
御坂美琴对他的感情也在经历这次事件后更加深厚。
魔法少女完成任务后返回魔法侧，但与上条等人结下了深厚的友谊。
学园都市继续进行着超能力研究，而魔法侧与科学侧的微妙平衡也得以暂时维持，然而，新的危机或许正在暗处悄然酝酿 。