《赛德克·巴莱》分为《赛德克·巴莱（上）：太阳旗》和《赛德克·巴莱（下）：彩虹桥》两部，并没有常规意义上按集数划分的分集剧情，以下按照上下部结构为你详细介绍剧情： 主演 林庆台 饰演 莫那·鲁道：赛德克族马赫坡社头目，英勇善战、充满智慧且极具领导才能，为了捍卫赛德克族的信仰、文化与尊严，带领族人发起抗日行动。
马志翔 饰演 铁木瓦力斯：赛德克族青年，强壮且富有激情，起初对莫那·鲁道发动起义的决定有所疑虑，但最终被其信念感染，投身战斗。
安藤政信 饰演 小岛源治：日本驻台官员，代表日本殖民统治阶层，妄图通过各种手段镇压赛德克族的反抗，维护殖民统治。
河原萨布 饰演 花冈一郎：具有一半赛德克族血统和一半日本血统，在日本接受教育，身处两个民族之间，内心充满挣扎与矛盾。
上部：太阳旗 影片开场展现了赛德克族平静的生活场景。
赛德克族各部落遵循着古老的传统，在山林间狩猎、耕种，孩子们在溪边嬉戏，人们敬畏自然，信仰祖灵。
日本殖民统治势力的到来打破了这份宁静。
日本侵略者在赛德克族的领地修筑道路、建立警察局，强制推行日语教育，禁止赛德克族的传统习俗，对赛德克族人进行残酷的压迫和剥削。
赛德克族人被迫为日本人劳作，稍有反抗便会遭到严厉的惩罚。
马赫坡社头目莫那·鲁道目睹族人遭受的苦难，心中燃起反抗的怒火。
他暗中联络各部落，试图团结起来对抗日本侵略者。
然而，族内并非所有人都支持起义，一些年轻人害怕战争带来的伤亡，担心起义会导致整个族群的灭亡。
莫那·鲁道的好友铁木瓦力斯起初也对起义心存疑虑，他看到了日本侵略者强大的武力，担心赛德克族难以取胜。
但莫那·鲁道坚信，若不反抗，赛德克族的灵魂将永远被奴役，他们的文化和信仰也将消失殆尽。
在一次激烈的冲突后，莫那·鲁道终于下定决心发动起义。
赛德克族勇士们趁夜色袭击了日本警察局，夺取枪支弹药。
起义爆发后，日本侵略者大为震惊，迅速组织兵力进行围剿。
赛德克族凭借对山林地形的熟悉，与日军展开游击战，给日军造成了不小的损失。
下部：彩虹桥 日本侵略者调集大量军队，对赛德克族展开疯狂报复。
日军采用焦土政策，烧毁村庄，屠杀无辜百姓，试图消灭赛德克族的抵抗力量。
赛德克族陷入了极度艰难的境地，物资匮乏，人员伤亡惨重。
但他们没有放弃，继续顽强抵抗。
在战斗中，许多赛德克族勇士壮烈牺牲，展现出了无畏的勇气和坚定的信念。
花冈一郎身为混血儿，在这场战争中内心备受煎熬。
他一方面流淌着赛德克族的血液，对自己的母族怀有深厚的情感；另一方面，他又在日本接受教育，认同部分日本文化。
在战争的关键时刻，他陷入了两难的抉择，最终选择以自杀的方式结束痛苦。
随着战争的持续，赛德克族的力量逐渐削弱。
莫那·鲁道看着族人一个个倒下，心中悲痛万分，但他依然坚守着自己的信念，带领剩余的族人继续战斗。
最终，赛德克族在日军的强大攻势下几近全军覆没。
莫那·鲁道在山林中独自战斗，直至生命的最后一刻。
他的身影消失在山林深处，仿佛与这片他深爱的土地融为一体。
影片结尾，幸存的赛德克族老人望着彩虹，相信逝去的族人已经踏上了通往祖灵之地的彩虹桥，他们的精神将永远传承下去。
赛德克族虽然在这场战争中失败了，但他们为自由和尊严而战的事迹，成为了不朽的传奇。