《神奇宝贝》（又名《精灵宝可梦》）动画系列非常庞大，不同版本有不同的集数和剧情，以下以最经典的无印篇为例进行较为详细的介绍，后续版本由于篇幅限制简单概括： 《精灵宝可梦 无印篇》 主演：小智、皮卡丘、小霞、小刚 剧情介绍： 第1集：神奇宝贝，就决定是你了！：住在真新镇的少年小智，立志成为神奇宝贝大师。
在领取初始神奇宝贝时睡过头，只拿到了脾气倔强的皮卡丘。
在前往常磐市途中，皮卡丘拒绝进入精灵球，还遭受烈雀群攻击，关键时刻皮卡丘爆发出强大电力击退烈雀，小智和皮卡丘的羁绊开始建立。
第2集：在神奇宝贝中心的决斗！：小智一行来到神奇宝贝中心，遇到同样来恢复精灵状态的训练家修。
修嘲笑小智和皮卡丘，双方展开对战，皮卡丘凭借顽强意志战胜修的拉达。
第3集：终于捉到神奇宝贝了！：小智一心想收服新的神奇宝贝，先后尝试收服绿毛虫和独角虫但失败。
最后在与小茂的竞争中成功收服了比比鸟。
…… 第273集：再见了，杰尼龟消防队！：小智等人帮助杰尼龟消防队解决了危机，之后杰尼龟消防队决定继续守护小岛，小智和伙伴们告别杰尼龟，踏上新旅程。
大结局（第274集：迈向新的大地！）：小智、小霞、小刚来到石英高原参加石英联盟大赛。
小智在比赛中一路过关斩将，但最终在四强赛中输给了阿弘。
比赛结束后，小霞因为姐姐们召唤要回华蓝市管理道馆，小刚也决定跟随大木博士进行研究，小智则带着皮卡丘准备前往橘子群岛展开新冒险。
《精灵宝可梦 超世代》 主演：小智、皮卡丘、小遥、小胜 剧情介绍：小智来到丰缘地区旅行，结识了梦想成为顶级协调训练家的小遥和她的弟弟小胜。
小智在丰缘地区挑战各地道馆，小遥则参加华丽大赛提升实力。
期间他们遭遇各种反派势力干扰，也结识许多新朋友和收服新的神奇宝贝。
最终小智完成丰缘地区道馆挑战，小遥在华丽大赛上取得不错成绩，之后小智前往神奥地区，小遥则前往关都地区继续追求梦想。
《精灵宝可梦 钻石&珍珠》 主演：小智、皮卡丘、小光、小刚 剧情介绍：故事发生在神奥地区，小智与立志成为顶尖神奇宝贝协调训练家的小光相遇，和小刚三人一同展开冒险。
小智挑战神奥地区的道馆，小光参加神奥华丽大赛。
他们在冒险中不断成长，面对银河队等邪恶组织的阴谋，最终小智获得神奥联盟比赛亚军，小光在华丽大赛也收获颇丰，随后各自开启新旅程。
《精灵宝可梦 超级愿望》 主演：小智、皮卡丘、艾莉丝、天桐 剧情介绍：小智来到合众地区，与龙系训练家艾莉丝和神奇宝贝服务生天桐组成新队伍。
小智挑战合众地区道馆，期间经历各种有趣冒险，与等离子团展开多次交锋。
最后小智完成道馆挑战，离开合众地区前往卡洛斯地区。
《精灵宝可梦 XY》 主演：小智、皮卡丘、莎莉娜、希特隆、柚丽嘉 剧情介绍：在卡洛斯地区，热爱表演的莎莉娜因小时候与小智的邂逅而踏上旅程，与小智、发明家用机器人协助训练神奇宝贝的希特隆及其妹妹柚丽嘉结伴冒险。
小智参加卡洛斯联盟比赛，莎莉娜参加宝可梦华丽大赛。
最终小智在卡洛斯联盟夺冠，莎莉娜在表演道路上迈出重要一步后与小智等人分别。
《精灵宝可梦 太阳&月亮》 主演：小智、皮卡丘、莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内 剧情介绍：小智来到阿罗拉地区，进入宝可梦学校学习，与同学们一起展开冒险。
他们在阿罗拉地区经历各种文化体验和战斗，对抗以太基金会等组织。
最后小智成为阿罗拉地区冠军，之后离开阿罗拉地区。
《精灵宝可梦 旅途》 主演：小智、皮卡丘、小豪 剧情介绍：小智和小豪成为樱木研究所的研究员，两人一边完成研究任务，一边在各个地区展开冒险。
小豪致力于收服各种神奇宝贝，小智则继续挑战对战。
他们参与世界锦标赛，与来自各地的高手对决，最终小智夺得世界冠军，成为真正的宝可梦大师。