第1集：壁教的逆袭
第三季开篇，帕拉迪岛面临着内忧外患的局面。调查兵团在对抗巨人的战斗中取得了一定成果，但国内的局势却愈发复杂。“壁教”势力在民众中煽动反调查兵团的情绪，认为调查兵团的行动是在浪费资源，并且带来了不必要的危险。
艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）和三笠·阿克曼（石川由依 配音）、阿尔敏·阿诺德（井上麻里奈 配音）等调查兵团成员，在执行任务归来后，发现城内气氛紧张。壁教教主弗洛克·福斯特（谷山纪章 配音）带领信徒们举行大规模集会，公然指责调查兵团。调查兵团团长艾尔文·史密斯（小野大辅 配音）意识到问题的严重性，决定采取行动应对壁教的威胁，同时还要继续筹备对墙外巨人的探索计划。
第2集：地下室
艾伦一直对父亲格里沙·耶格尔（小山力也 配音）留下的地下室充满好奇，他坚信地下室隐藏着关于巨人以及世界真相的关键线索。在这一集中，调查兵团在与壁教的周旋中，意外获得了能够打开地下室的钥匙。
艾伦、阿尔敏和三笠等人跟随艾尔文团长来到地下室。地下室里存放着许多文件、照片和日记，这些资料揭示了令人震惊的秘密：墙外并非只有巨人，还有其他人类存在，而且帕拉迪岛的历史和使命远比他们想象的要复杂得多。这些发现让调查兵团成员们意识到，他们所面临的挑战不仅仅是巨人，还有来自外部世界的未知威胁。
第3集：罗塞之墙夺还战序章
在得知地下室的秘密后，调查兵团决定发起罗塞之墙夺还战。此次行动的目标是夺回被巨人占领的罗塞之墙区域，为人类争取更多的生存空间，同时也是为了进一步探索墙外的世界。
艾尔文团长制定了详细的作战计划，将调查兵团分成多个小队，分别执行不同的任务。艾伦利用自己能够变身巨人的能力，承担起了重要的攻坚任务。在出征前，调查兵团进行了最后的准备和动员，士兵们怀着紧张而又坚定的心情，踏上了这场生死未卜的征程。
第4集：罗塞之墙夺还战 惨祸
罗塞之墙夺还战正式打响。调查兵团在前进过程中遭遇了巨人的猛烈攻击。巨人的数量众多且战斗力强大，给调查兵团带来了巨大的伤亡。
艾伦率领的小队在突破防线时，遇到了超大型巨人的阻拦。超大型巨人释放出的高温蒸汽，瞬间摧毁了大量的立体机动装置，许多士兵因此失去了行动能力，惨遭巨人吞噬。战场上一片混乱，调查兵团陷入了绝境。艾尔文团长在指挥作战的过程中，面临着艰难的抉择，他必须在有限的时间内找到突破困境的方法，否则整个行动将功亏一篑。
第5集：希干希纳区夺回作战
尽管面临巨大的困难，调查兵团并没有放弃。在艾尔文团长的果断指挥下，士兵们重新调整战术，继续向希干希纳区推进。
艾伦发挥出巨人化的力量，与超大型巨人和铠之巨人展开激烈战斗。三笠和阿尔敏等队友也在一旁全力协助艾伦，他们利用立体机动装置灵活穿梭在巨人之间，寻找敌人的弱点。在激烈的交锋中，调查兵团逐渐扭转了局势，成功突破了巨人的防线，进入希干希纳区。
第6集：向女王献上心脏
进入希干希纳区后，调查兵团发现这里隐藏着更大的危机。原来，兽之巨人也出现在了战场上。兽之巨人拥有远超普通巨人的智慧和战斗力，它指挥着一群巨人对调查兵团发动了猛烈的反击。
在战斗中，艾尔文团长身负重伤，但他依然坚持指挥作战。为了给艾伦创造击败兽之巨人的机会，艾尔文团长下达了一个悲壮的命令，让士兵们组成人肉盾牌，吸引兽之巨人的注意力。利威尔·阿克曼（神谷浩史 配音）在关键时刻做出了艰难的抉择，他选择救助艾伦，而放弃了救治艾尔文团长。最终，艾伦成功击败了兽之巨人，希干希纳区夺回作战取得了胜利，但调查兵团也付出了惨痛的代价。
第7集：宣誓复仇
希干希纳区夺回作战的胜利，让调查兵团士气大振。然而，这场胜利也让他们付出了巨大的牺牲，许多战友在战斗中失去了生命。
艾伦、三笠和阿尔敏等幸存者怀着悲痛的心情，为逝去的战友举行了葬礼。在葬礼上，他们立下誓言，一定要彻底消灭所有的巨人，为死去的战友报仇雪恨。同时，他们也意识到，要实现这个目标，必须不断提升自己的实力，探索更多关于巨人的秘密。
第8集：不战之约的末路
随着调查兵团在墙外取得的一系列成果，帕拉迪岛的局势逐渐稳定下来。然而，外部世界对帕拉迪岛的关注也越来越高。玛莉亚之墙的夺回，打破了人类与巨人之间长期以来的“不战之约”。
各国开始对帕拉迪岛采取行动，派遣间谍和军队试图渗透进来。调查兵团一方面要应对外部势力的威胁，另一方面还要处理国内的政治问题。在这个过程中，艾伦等人发现了一些关于巨人起源和世界真相的新线索，这些线索将他们引向了一个更加危险和神秘的领域。
第9集：白夜
调查兵团在与外部势力的斗争中，逐渐揭开了更多关于巨人的秘密。他们发现，巨人的出现并非偶然，而是背后有着复杂的政治和历史原因。
艾伦在与敌人的交锋中，不断提升自己的巨人化能力。他开始意识到，自己的使命不仅仅是消灭巨人，还要为帕拉迪岛的未来和人类的生存寻找出路。在这个过程中，艾伦与队友们之间的信任和羁绊也更加深厚，他们共同面对一个又一个的挑战，在黑暗中寻找着光明的未来。
第10集：英雄
随着剧情的发展，调查兵团与外部势力的矛盾日益激化。在一场激烈的战斗中，艾伦等人再次展现出了非凡的勇气和战斗力。
利威尔兵长在战斗中发挥出了超强的实力，他以一己之力对抗众多敌人，保护了队友的安全。阿尔敏运用自己的智慧，制定出了巧妙的战术，帮助调查兵团成功击退了敌人的进攻。这场战斗让艾伦等人成为了帕拉迪岛的英雄，他们的事迹激励着岛上的每一个人，为了自由和生存而继续战斗。